施用有機(jī)肥料最重要的一點(diǎn)就是增加了土壤的有機(jī)物質(zhì)。有機(jī)質(zhì)的含量雖然只占耕層土壤總量的百分之零點(diǎn)幾至百分之幾，但它是土壤的核心成分，是土壤肥力的主要物質(zhì)基礎(chǔ)。有機(jī)肥料對土壤的結(jié)構(gòu)、土壤中的養(yǎng)分、能量、酶、水分、通氣和微生物活性等有十分重要的影響。
有機(jī)肥料含有植物需要的大量營養(yǎng)成分，對植物的養(yǎng)分供給比較平緩持久，有很長的后效。有機(jī)肥料還含有多種微量元素。由于有機(jī)肥料中各種營養(yǎng)元素比較完全，而且這些物質(zhì)完全是無毒、無害、無污染的自然物質(zhì)，這就為生產(chǎn)高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)、無污染的綠色食品提供了必須條件。有機(jī)肥料含有多種糖類，施用有機(jī)肥增加了土壤中各種糖類。有了糖類，有了有機(jī)物在降解中釋放的大量能量，土壤微生物的生長、發(fā)育、繁殖活動就有了能源。
畜禽糞便中帶有動物消化道分泌的各種活性酶，以及微生物產(chǎn)生的各種酶。施用有機(jī)肥大大提高了土壤的酶活性，有利于提高土壤的吸收性能、緩沖性能和抗逆性能。施用有機(jī)肥料增加了土壤中的有機(jī)膠體，把土壤顆粒膠結(jié)起來，變成穩(wěn)定的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，改善了土壤的物理、化學(xué)和生物特性，提高了土壤保水、保肥和透氣性能。為植物生長創(chuàng)造良好的土壤環(huán)境。
有機(jī)肥在土壤中分解，轉(zhuǎn)化形成各種腐殖酸物質(zhì)。能促進(jìn)植物體內(nèi)的酶活性、物質(zhì)的合成、運(yùn)輸和積累。腐殖酸是一種高分子物質(zhì)，陽離子代換量高，具有很好的絡(luò)合吸附性能，對重金屬離子有很好的絡(luò)合吸附作用，能有效地減輕重金屬離子對作物的毒害，并阻止其進(jìn)入植株中。這對生產(chǎn)無污染的安全、衛(wèi)生的綠色食品十分有利。
但是使用有機(jī)肥料也有存在養(yǎng)分含量低，不易分解，不能及時滿足作物高產(chǎn)的要求。傳統(tǒng)的有機(jī)肥的積制和使用也很不方便。人畜禽糞便、垃圾等有機(jī)廢物又是一類臟、爛、臭物質(zhì)，其中含有許多病原微生物，或混入某些毒物，是重要的污染源，尤其值得注意的是，隨著現(xiàn)代畜牧業(yè)的發(fā)展，飼料添加劑應(yīng)用越來越廣泛，飼料添加劑往往含有一定量的重金屬，這些重金屬隨畜糞便排出，會嚴(yán)重污染環(huán)境，影響人的身體健康。